重大事故的應急救援往往涉及多個救援部門和機構，因此，對應急行動的統一指揮和協調是有效開展應急救援的關鍵。建立統一的應急指揮、協調和決策程序，便于對事故進行初始評估，確認緊急狀態，從而迅速有效地進行應急響應決策，建立現場工作區域，指揮和協調現場各救援隊伍開展救援行動，合理高效地調配和使用應急資源等。
該應急功能應明確：
1．現場指揮部的設立程序；
2．指揮的職責和權力；
3．指揮系統(誰指揮誰、誰配合誰、誰向誰報告)；
4．啟用現場外應急隊伍的方法；
5．事態評估與應急決策的程序；
6．現場指揮與應急指揮部的協調；
7．企業應急指揮與外部應急指揮之間的協調。
應急指揮可設應急總指揮和現場應急指揮，應急總指揮一般由總經理擔任，現場指揮一般由生產副總經理或事發單位第一負責人擔任，但是，企業在確定總指揮與現場指揮人員時，一定要考慮該人員由于某種原因(如出差等)，在事故發生的時候不在場時，由誰來擔任指揮的角色，以確保救援行動不出現混亂局面。
1．應急總指揮的職責是：
(1)負責組織應急救援預案的實施工作。
(2)負責指揮、調度各保障小組參加集團公司的應急救援行動。
(3)負責發布啟動或解除應急救援行動的信息。
(4)開設現場指揮機構。
(5)向當地政府或駐軍通報應急救援行動方案，并提出要求支援的具體事宜。
2．現場指揮的職責是：
(1)全權負責應急救援現場的組織指揮工作。
(2)負責及時向總指揮部報告現場搶險救援工作情況。保證現場搶險救援行動與總指揮部的指揮和各保障系統的工作協調。
(3)進行事故的現場評估，并提出搶險救援的相關方案報應急救援總指揮部備案。必要時，與總指揮部的專業技術人員或有關專家進行直接溝通，確定搶險救援方案。
(4)必要時，提出現場搶險增援、人員疏散、向政府求援等建議并報總指揮部。
(5)參與事故調查處理工作，負責事故現場搶險救援工作的總結。
3．聯合指揮。
當企業在救援時用到當地消防、醫療救護等其他應急救援機構時，這些應急機構的指揮系統就會與企業的指揮系統構成聯合指揮，并隨著各部門的陸續到達，聯合指揮逐步擴大。
企業應急指揮應該成為聯合指揮中的一員，聯合指揮成員之間要協同工作，建立共同的目標和策略，共享信息，充分利用可用資源，提高響應效率。在聯合指揮過程中，企業的應急指揮的主要任務是指揮提供救援所需的企業信息，如廠區分布圖、重要保護目標、消防設施位置等，還應當配合其他部門開展應急救援，如協助指揮人員疏散等。
當聯合指揮成員在某個問題上不能達成一致意見時，則負責該問題的聯合指揮成員代表通常作出最后決策。
但如果動用其他部門較少，如發生較大火災事故，沒有發生人員傷亡的可能性，僅需要消防機構支援，可以考慮由支援部門指揮，企業為其提供信息、物資等支持。
