排污權交易在我國已經有近20年的發展歷史，由于多方面原因，整體進展緩慢，大體可以分成起步、摸索、深化三個階段。
1988年-2000年為起步階段。我國在上世紀八十年代末已經進行了排污交易實踐。1987年，上海市閔行區開展了企業間水污染物排放指標有償轉讓的實踐。1988年3月20日，原國家環保局頒布并實施的《水污染物排放許可證管理暫行辦法》中規定：“水污染排放總量控制指標，可以在本地區的排污單位間互相調劑”。1991年，上海、天津等16個城市進行了排放大氣污染物許可證制度的試點。1994年，在包頭、開遠、柳州、太原、平頂山、貴陽6個城市開展了大氣排污權交易的試點，取得了初步經驗。“九五”期間，我國正式把污染物排放總量控制政策列為環境保護的考核目標，總量控制和排污許可證在全國范圍內的推行，為今后開展排污權交易奠定了制度基礎。2000年4月29日《大氣污染防治法》通過，為國家污染控制戰略真正實現由濃度控制向總量控制轉變提供了法律保障。這一時期我國集中在大氣污染物排污交易方面進行了初步試點嘗試，為后續排污交易試點探索的不斷深化打下了基礎。
2001年-2006年為摸索階段。“十五”期間，我國環保工作的重點全面轉到污染物排放總量控制，2001年前后全國開展了不少試點項目，如亞洲開發銀行在太原市開展的市域范圍的二氧化硫排污交易試點項目、美國環保協會在南通開展的排污權交易項目等，在這些項目的推動下完成了多項排污權交易案例，積累了豐富的實踐經驗。2001年9月，江蘇省南通市順利實施中國首例排污權交易，交易雙方為南通天生港發電有限公司與南京醋酸纖維有限公司，雙方在2001年-2007年期間交易SO2 排污權1800噸。2002年，在山東、山西、江蘇、河南、上海、天津、柳州7省市開展了二氧化硫排放總量控制及排污權交易試點。2003年，江蘇太倉港環保發電有限公司與南京下關發電廠達成SO2排污權異地交易，開創了中國跨區域交易的先例。水污染物排污交易試點在該階段也有所開展，2007年11月10日，國內第一個排污權交易中心在浙江嘉興掛牌成立，標志著我國排污權交易逐步走向制度化、規范化、國際化。
2007年至今為深化階段。隨著國家環保戰略思路從傳統的行政管制手段到注重綜合運用行政、法律以及市場手段轉變，排污權交易在該階段明顯呈現出國家日益重視、地方自發積極探索、上下對接強化、探索交易模式多樣、地方法規政策文件出臺頻率加大等特點。排污權市場交易機制正在形成。
據了解，浙江、江蘇兩省開展排污權交易較早，對于污染減排的促進作用已經顯現。2011年6月，環保專家對嘉興市南湖區11條河流的交接斷面進行水質監測，發現劣五類水比兩年前下降20%，部分河段開始出現四類水。當地環保部門負責人將之歸功于用市場手段推動減排、保護環境帶來的成效。南湖區3年前開始探索排污權交易制度，在控制排污總量的前提下，鼓勵企業買賣排污權指標。排污權交易蘊藏的盈利空間，促使許多企業想方設法挖潛減排。排污權交易帶來的壓力，已轉換成為不少企業投資環保的動力。
