生態補償機制是以保護生態環境、促進人與自然和諧為目的，根據生態系統服務價值、生態保護成本、發展機會成本，綜合運用行政和市場手段，調整生態環境保護和建設相關各方之間利益關系的環境經濟政策。主要針對區域性生態保護和環境污染防治領域，是一項具有經濟激勵作用、與“污染者付費”原則并存、基于“受益者付費和破壞者付費”原則的環境經濟政策。
為什么要建立生態補償機制？
建立生態補償機制是貫徹落實科學發展觀的重要舉措，有利于推動環境保護工作實現從以行政手段為主向綜合運用法律、經濟、技術和行政手段的轉變，有利于推進資源的可持續利用，加快環境友好型社會建設，實現不同地區、不同利益群體的和諧發展。
建立生態補償機制是落實新時期環保工作任務的迫切要求，黨中央、國務院對建立生態補償機制提出了明確要求，并將其作為加強環境保護的重要內容。《國務院關于落實科學發展觀加強環境保護的決定》要求:“要完善生態補償政策，盡快建立生態補償機制。中央和地方財政轉移支付應考慮生態補償因素，國家和地方可分別開展生態補償試點。”國家《節能減排綜合性工作方案》也明確要求改進和完善資源開發生態補償機制，開展跨流域生態補償試點工作。
為探索建立生態補償機制，一些地區積極開展工作，研究制定了一些政策，取得了一定成效。但是，生態補償涉及到復雜的利益關系調整，目前對生態補償原理性探討較多，針對具體地區、流域的實踐探索較少，尤其是缺乏經過實踐檢驗的生態補償技術方法與政策體系。因此，有必要通過在重點領域開展試點工作，探索建立生態補償標準體系，以及生態補償的資金來源、補償渠道、補償方式和保障體系，為全面建立生態補償機制提供方法和經驗。
建立生態補償機制的重點領域有哪些？
從國情及環境保護實際形勢出發，目前我國建立生態補償機制的重點領域有4個方面，分別為:
自然保護區的生態補償。要理順和拓寬自然保護區投入渠道，提高自然保護區規范化建設水平；引導保護區及周邊社區居民轉變生產生活方式，降低周邊社區對自然保護區的壓力；全面評價周邊地區各類建設項目對自然保護區生態環境破壞或功能區劃調整、范圍調整帶來的生態損失，研究建立自然保護區生態補償標準體系。
重要生態功能區的生態補償。推動建立健全重要生態功能區的協調管理與投入機制；建立和完善重要生態功能區的生態環境質量監測、評價體系，加大重要生態功能區內的城鄉環境綜合整治力度；開展重要生態功能區生態補償標準核算研究，研究建立重要生態功能區生態補償標準體系。
礦產資源開發的生態補償。全面落實礦山環境治理和生態恢復責任，做到“不欠新賬、多還舊賬”；聯合有關部門科學評價礦產資源開發環境治理與生態恢復保證金和礦山生態補償基金的使用狀況，研究制定科學的礦產資源開發生態補償標準體系。
流域水環境保護的生態補償。各地應當確保出界水質達到考核目標，根據出入境水質狀況確定橫向補償標準；搭建有助于建立流域生態補償機制的政府管理平臺，推動建立流域生態保護共建共享機制；加強與有關各方協調，推動建立促進跨行政區的流域水環境保護的專項資金。
地方試點進展如何？
在探索建立生態補償機制方面，浙江省一直走在全國前列。繼2005年出臺《關于進一步完善生態補償機制的若干意見》、2006年出臺《錢塘江源頭地區生態環境保護省級財政專項補助暫行辦法》之后，2008年又出臺了《浙江省生態環保財力轉移支付試行辦法》，成為全國第一個實施省內全流域生態補償的省份。
2008年1月，《江蘇省太湖流域環境資源區域補償試點方案》正式實施，規定:建立跨行政區交接斷面和入湖斷面水質控制目標，上游設區的市出境水質超過跨行政區交接斷面控制目標的，由上游設區的市政府對下游設區的市予以資金補償；上游設區的市入湖河流水質超過入湖斷面控制目標的，按規定向省級財政繳納補償資金。
