近些年來，由于生物技術的發展，生物遺傳資源所帶來的巨大利益被美國、歐洲、日本等一些生物技術發達的國家所重視。他們加緊了對其他國家生物遺傳資源的掠奪，特別是那些生物資源豐富、傳統文化深厚，但科技水平較低，特別是生物技術知識產權不完善的發展中國家。
由于我國有豐富的生物遺傳資源，所以成為發達國家掠奪生物資源的主要地區之一。據估計，最近10年中我國輸出的生物遺傳資源不僅在數量上要遠遠高于前20年的總和，而且大都是優良基因。比如，世界上90%的野生大豆資源分布在中國，但很多原產于中國的野生大豆資源被美國公司竊取，成為其專利產品，回到中國搶占市場。近年來，一些外國機構在中國掠取人類基因資源的現象正在蔓延。它們利用中國現行法規的不完善和管理上的漏洞，為商業目的在中國開展樣品收集活動，以及在老百姓毫不知情的情況下抽取血樣進行研究等等。
生物遺傳資源作為一種新型的資源，人們對它的認識還不是非常清晰和明確，這種情況下對它的保護也就比較困難。但是，生物遺傳資源所具有的共享性和非排他性卻是公認的。從其性質與對社會的效率來說，生物遺傳資源應該屬于公共資源，不能被任何人私有，實際上一個動植物品種或者一個人類種群所攜帶的生物遺傳信息不是也不可能是任何個人的私有財產。
在確定了生物遺傳資源為公共性資源之后，就會產生一個問題，生物遺傳資源既然屬于公共性資源，那么其所產生的利益究竟歸屬于誰，是整個人類社會還是國家或者某個群體。從權利主體的角度上說，國家是生物遺傳資源最好的享有者。但是在這種情況下可能出現的利益失衡現象非常值得關注。從經濟學的角度而言，權利的配置必然涉及到利益關系的改變，總會有一些人的利益要受損，因為沒有人受損，就不可能有人受益；或者，現在不受損，將來就不會受益。特別是在公共性資源的利用過程中，往往受益者與受損者是不同的人，一個國家的所有人可以因為生物遺傳資源的保護而受益，受損的人卻是生物遺傳資源所在地區的群眾，那么必然導致付出代價的地區為了尋求利益最大化而破壞生物遺傳資源，最終導致整個社會的利益受損。
建立國家生物遺傳資源利益補償機制，使受益共享、受損分擔，這樣才能真正調動起生物遺傳資源所在地區的積極性。所謂生物遺傳資源利益補償機制，就是由生物遺傳資源的全體受益者給保護生物遺傳資源地區一定的利益補償，調動該地區保護生物遺傳資源積極性的制度。
生物遺傳資源的國家補償應該堅持一定的原則，首先是適度原則。生物遺傳資源的國家補償不同于國家賠償，賠償是針對被賠償者的全部損失，而補償只是根據情況支付適度的補償。而且，保護生物遺傳資源所受到的損失也很難精確地計算，如果要求絕對地補償所受到的所有損失，必然難以做到或者會大大增加國家的負擔。
其次是法制化原則。生物遺傳資源的國家補償一定要克服人為因素，避免一陣風現象，在國家補償的程序、對象、方式、渠道等方面都應該有法可依。只有使生物遺傳資源的國家補償有法可依才能使這項制度不致于受到某些人的破壞，也不致于被一些人所利用，造成新的利益失衡。
第三是對應原則。所謂對應原則有兩個方面，一方面是地區的對應，另一方面是數額的對應。地區的對應就是國家補償一定要針對具體的生物遺傳資源所在地的地區，不能范圍過大也不能過小。數額的對應也是非常重要的，前面說過國家補償是適度補償，但適度補償也并非沒有依據，應該對應生物遺傳資源所在地區在保護生物遺傳資源的過程中所受到的損失進行補償，損失大的多補，損失小的少補。
生物遺傳資源的國家補償可以采取多種方式。首先是貨幣方式，這是一種最為簡單易行的方式，國家可以在其財政收入中專門撥款用于生物遺傳資源保護的補償。其次是技術補償方式，技術補償就是在技術方面生物遺傳資源所在地區獲得其他地區或者國外的支持和幫助。在國際公約和我國的相關法律中都已經有了類似的規定。對生物遺傳資源進行開發的機構有條件的要將研究室設在生物遺傳資源所在地區，并且要積極培養生物遺傳資源所在地的研究人員。第三是知識產權方式，對于利用該地區生物遺傳資源開發出來的擁有知識產權的成果，該地區有權分享。當然某一地區在法律上很難成為知識產權的主體，但是可以規定合理分享制度，比如在符合一定條件的情況下該地區可以免費使用該成果。
生物遺傳資源的補償渠道可以是多層次的，一方面可以由國家從國家收入中以財政撥款的方式直接補償。另一方面，國家還可以用其他方式進行補償。比如，可以在立法中規定，對生物遺傳資源進行開發的商業生物公司，必須支付一定數額的補償款給生物遺傳資源所在地區；也可以優先考慮將生物遺傳資源研究開發機構設在生物遺傳資源所在地區，幫助該地區科研能力的提高。
我國是一個生物遺傳資源的寶庫，如果我們能夠調動起各地方保護生物遺傳資源的積極性，給予一定的利益補償，必將有利于保護好我國珍貴的生物遺傳資源。
