事故樹分析雖然根據對象系統的性質、分析目的的不同，分析的程序也不同。但是，一般都有下面的十個基本程序。有時，使用者還可根據實際需要和要求，來確定分析程序。
熟悉系統。要求要確實了解系統情況，包括工作程序、各種重要參數、作業情況。必要時畫出工藝流程圖和布置圖。
調查事故。要求在過去事故實例、有關事故統計基礎上，盡量廣泛地調查所能預想到的事故，即包括已發生的事故和可能發生的事故。
確定頂上事件。所謂頂上事件，就是我們所要分析的對象事件。分析系統發生事故的損失和頻率大小，從中找出后果嚴重，且較容易發生的事故，作為分析的頂上事件。
確定目標。根據以往的事故記錄和同類系統的事故資料，進行統計分析，求出事故發生的概率(或頻率)，然后根據這一事故的嚴重程度，確定我們要控制的事故發生概率的目標值。
調查原因事件。調查與事故有關的所有原因事件和各種因素，包括設備故障、機械故障、操作者的失誤、管理和指揮錯誤、環境因素等等，盡量詳細查清原因和影響。
畫出事故樹。根據上述資料，從頂上事件起進行演繹分析，一級一級地找出所有直接原因事件，直到所要分析的深度，按照其邏輯關系，畫出事故樹。
定性分析。根據事故樹結構進行化簡，求出最小割集和最小徑集，確定各基本事件的結構重要度排序。
計算頂上事件發生概率。首先根據所調查的情況和資料，確定所有原因事件的發生概率，并標在事故樹上。根據這些基本數據，求出頂上事件(事故)發生概率。
進行比較。要根據可維修系統和不可維修系統分別考慮。對可維修系統，把求出的概率與通過統計分析得出的概率進行比較，如果二者不符，則必須重新研究，看原因事件是否齊全，事故樹邏輯關系是否清楚，基本原因事件的數值是否設定得過高或過低等等。對不可維修系統，求出頂上事件發生概率即可。
定量分析。定量分析包括下列三個方面的內容：當事故發生概率超過預定的目標值時，要研究降低事故發生概率的所有可能途徑，可從最小割集著手，從中選出最佳方案。
利用最小徑集，找出根除事故的可能性，從中選出最佳方案。
求各基本原因事件的臨界重要度系數，從而對需要治理的原因事件按臨界重要度系數大小進行排隊，或編出安全檢查表，以求加強人為控制。
事故樹分析方法原則上是這10個步驟。但在具體分析時，可以根據分析的目的、投入人力物力的多少、人的分析能力的高低、以及對基礎數據的掌握程度等，分別進行到不同步驟。如果事故樹規模很大，也可以借助電子計算機進行分析。
