農藥生產是職業危害嚴重的行業之一，由于生產的非連續性和工藝設備比較落后，加劇了這種情況。事故統計表明中毒、火災、爆炸、是其主要危害。由于農藥門類品種較多，生產過程所涉及的單元反應過程和單元操作過程十分廣泛。凡化工單元反應如氯化、氧化、還原、硝化、氨化、磺化、歧化以及單元操作如反應操作、抽提、萃取、蒸餾、分離、冷凝、干燥等均有涉及，既有連續生產(如光氣生產)，又多是間斷性生產，加之，農藥生產所用原料、中間體大都有毒易燃，所以具有較高的危險性。
【身體防護】生產過程易燃物質泄漏，尤其是氣體和蒸氣泄漏，可引起爆炸，如黃磷引燃溫度很低，在空氣中會自燃，一氧化碳、甲醇、乙醇、苯等都可與空氣形成爆炸性混合物；中間體合成和農藥合成過程中控制不當，會使反應失控或形成易分解爆炸的物質，引發化學爆炸，如三氯化磷生產中若氯過量會生成極易分解爆炸的五氯化磷，五氯化二磷、三氯硫磷、甲基或乙基氯化物、甲基或乙基硫化物等中間體的合成一旦失控，也會爆炸，烷基氯化物和硫化物自身就不穩定，易分解爆炸。
【呼吸防護】所有農藥原料、中間體和成品大都有不同程度的毒性。生產過程中，急性中毒都由泄漏引起，有的則是檢修失措或個人防護不當造成的。中毒類型可分為：有機磷類農藥中毒、氨基甲酸酯類農藥中毒、擬除蟲菊酯類農藥中毒、黃磷中毒、光氣中毒、甲基異氰酸酯中毒，為防止中毒現象發生，作業時佩帶防毒裝備是必須的。
【手部防護】就農藥而言,它對人體的危害是十分的嚴重的,農藥主要由三條途徑進入人體內：一是偶然大量接觸，如誤食；二是長期接觸一定量的農藥，如農藥廠的工人和使用者農民；三是日常生活接觸環境和食品中的殘留農藥，由此可見長期接觸或有農藥，可使農藥在體內不斷蓄積，對人體健康構成潛在威脅,必須與農藥做好絕緣措施。
