“職業病診斷”是省級以上人民政府衛生行政部門批準獲得職業病診斷行政許可的醫療衛生機構對勞動者的病理改變是否與其職業環境有關作出的事實認定。“臨床疾病診斷”是合法的醫療機構根據其診療科目對患者的臨床癥狀及病理改變和治療建議作出的事實認定。概括起來講，兩者存在著明顯的區別。
首先，法律依據不同。職業病診斷是根據《職業病防治法》的規定，勞動者可以在用人單位所在地或者本人居住地依法承擔職業病診斷的醫療衛生機構進行職業病診斷。臨床疾病診斷是醫師根據《執業醫師法》，在執業活動中享有基本的診斷治療權。執業醫師在注冊的執業范圍內，進行醫學診查、疾病調查、醫學處置、出具相應的醫學證明文件以及選擇合理的治療方案等，都是符合法律規定的。
其次，診斷目的不同。職業病診斷是為了確定勞動者的疾病病理改變是否與職業環境有法律上的因果關系，從而為后期行政認定、行政處罰提供專業證據。臨床疾病診斷是通過各種檢查，使用藥物、器械及手術等方法，消除疾病或緩解病情，幫助患者恢復健康。
第三，法律屬性不同。職業病診斷是衛生行政機關針對專業醫學問題委托法定機構進行的一種行政鑒定。而醫學專家作出的臨床疾病診斷，法律屬性屬于專家意見范疇，絕非行政鑒定。
第四，承擔機構與法律責任不同。職業病診斷必須由省級以上人民政府衛生行政部門批準的醫療衛生機構承擔。臨床疾病診斷須由衛生行政部門批準的醫療機構和具有合法職業范圍的執業醫師承擔。如對未取得執業衛生技術服務資質認證擅自從事職業病診斷的，行政部門可根據《職業病防治法》第七十二條的規定，責令其立即停止違法行為，沒收違法所得并處相應的罰款。情節嚴重者還可以依法對其給予降級、撤職或者開除的處分。
